Các bị can gồm: Nguyễn Anh Ngọc (46 tuổi, trú tại P.Bồ Đề, Q.Long Biên, Hà Nội), đang công tác tại Phòng Thư ký biên tập, Tổ giúp việc TP.Hà Nội; Nguyễn Hoàng Trung (37 tuổi, trú tại P.Bạch Đằng, Q.Hai Bà Trưng, TP.Hà Nội), là lái xe của ông Nguyễn Đức Chung, Chủ tịch UBND TP.Hà Nội và Phạm Quang Dũng (37 tuổi, trú tại xã Tân Triều, Q.Thanh Trì, TP.Hà Nội), cán bộ công an thuộc Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế, tham nhũng và buôn lậu Bộ Công an (C03).
Vụ án này do C03 thụ lý điều tra và được coi là một trong những đại án về kinh tế tham nhũng lớn, được Ban chỉ đạo T.Ư về phòng chống tham nhũng theo dõi, chỉ đạo.
Đến nay, C03 đã khởi tố 26 bị can, trong đó có Bùi Quang Huy, Tổng giám đốc Công ty Nhật Cường; Nguyễn Văn Tứ, Chánh văn phòng Thành ủy Hà Nội, nguyên Giám đốc Sở KH-ĐT TP.Hà Nội; Phạm Thị Thu Hường, Chánh văn phòng Sở KH-ĐT.
Trong vụ án này, C03 xác định bị can chính là Bùi Quang Huy, hiện đã bị khởi tố 4 tội danh, gồm: buôn lậu; vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; rửa tiền; vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Bắt tài xế chủ tịch Hà Nội chiếm đoạt tài liệu điều tra vụ án Nhật Cường